支部

 主な部局には支部が置かれていて、組合員は通常、主として勤務する部局に置かれた支部に所属します。この支部が組合活動の基礎的な単位となります。各支部は、支部規約に基づき、支部委員会によって運営されます。支部委員会は、支部組合員によって選ばれた支部委員長と支部委員によって構成されます。現在、次のような支部が置かれています。

● 理学部支部● 図書館支部
● 農学部支部● 人間支部
● 基礎物理学研究所支部● 保育所・書記局支部
● 数理解析研究所支部● 医学部支部
● 人文科学研究所支部● 薬学部支部
● メディアセンター支部● 再生医科学研究所支部
● 吉田工学部支部● ウイルス研究所支部
● 文学部支部● 病院支部
● 法学部支部● 桂工学部支部
● 経済学部支部● 防災研究所支部
● 教育学部支部● 化学研究所支部
● 経済研究所支部● エネルギー理工学研究所支部
● 施設部支部● 原子炉支部
● 学生部支部

部会

 部会は、女性部、青年部の他、職種や雇用形態別に設置され、それぞれの属性に特有の課題にとりくんでいます。

女性部

 一般職においては女性職員の昇任や昇格が男性に比べて遅れていたという歴史的経過があり、今日もまだ解消されていない現状があります。教育職においては女性比率が10%に満たない状況です。また、非常勤職員においては、その大半が女性です。こういった学内の男女共同参画の不均衡の改善などを目指して日々活動をしています。

青年部

 京都大学職員組合に加入する35歳以下の青年組合員で構成します。若年層特有の労働条件課題にとりくみ、また青年組合員同士の交流を深める各種企画などを行います。

定員外職員部会

 日給制(給与支払いは月単位)のフルタイム勤務の職員で構成する部会です。正規職員の定員削減のなか、1960年代〜1980年に多く採用されました。フルタイム勤務で実態も正規職員と変わらないのに、非常勤職員ということで賃金や休暇、その他勤務条件について正規職員と大きな格差があります。京都大学が法人化する前は「日々雇用職員」という名称でよばれていました。これらの職員のことを「定員外職員」と呼び、京都大学職員組合は定員外職員の定員化や待遇の改善に取り組んできています。

時間雇用職員部会

 時間給制のパートタイム勤務の職員で構成する部会です。1980年以降、定員外職員の採用が抑制されて以降、採用が増加している職員です。パートタイム勤務ですが、職場の基幹的・恒常的業務を担っている場合も多くあります。しかし、正規職員との給与格差は著しく大きく、賃金や勤務条件の改善を求めて活動しています。
 2005年度から時間雇用教職員の採用に適用されるようになった、通算雇用期間を5年上限とする問題にもとりくんでいます。2010年から通算雇用期間5年満期を迎え、多くの時間雇用教職員が雇い止めされる危機がありましたが、時間雇用職員部会が中心となって運動を展開し、通算5年を越えて雇用継続する特例制度の導入に成功しました。